Los asentamiento humanos en
lo que es hoy el territorio del municipio de Nacajuca debe remontarse al momento
en que las grandes urbes mayas del clásico y del clásico tardío como Palenque,
Tikal, Uxmal, Bonampak, Reforma, Pomoná y Comalcalco fueron abandonadas.
Los investigadores han
encontrado indicios de que parte de la población de esas grandes urbes siguiendo
el cauce los ríos, se estableció en la planicie de Tabasco y en la zona costera
del Golfo de México.
A la llegada de los
españoles en 1518, los mayas chontales ocupaban el delta de los ríos Mezcalapa,
Grijalva y Usumacinta.
A fines de 1524 y principios
de 1525 el conquistador Hernán Cortés rumbo a Las Hibueras (Honduras) pasó por
Tabasco; en su itinerario tocó una población que el llama de Anaxuxuca y que el
cronista Bernal Díaz del Castillo nombra Nacaxuxuca, que en lengua náhuatl
quiere decir "lugar de caras pálidas o descoloridas" en clara alusión
a los habitantes del pantano que eran presa fácil del paludismo, por la
abundancia de mosquitos que proliferan en estas regiones.